针对填料保留机理的不同（填料保留目标化合物或保留杂质），操作稍有不同。

填料保留目标化合物

固相萃取操作一般有四步（见图1）:

1. 活化----除去小柱内的杂质并创造一定的溶剂环境。
2. 上样----将样品用一定的溶剂溶解，转移入柱并使组分保留在柱上。
3. 淋洗----最大程度除去干扰物。
4. 洗脱----用小体积的溶剂将被测物质洗脱下来并收集。

填料保留杂质

固相萃取操作一般有三步（见图2）:

1. 活化----除去柱子内的杂质并创造一定的溶剂环境。
2. 上样----将样品样品转移入柱，此时大部分目标化合物会随样品基液流出，杂质被保留在柱上，故此步骤要开始收集。
3. 洗脱----用小体积的溶剂将组分淋洗下来并收集，合并收集液。